Au XIVème siècle on voit l’apparition d’éléments gothiques (en particulier la voûte) puis des restaurations régulières qui ajoutèrent petit à petit des éléments à la structure d’origine.
L’église est particulièrement reconnue pour son plan asymétrique assez rare, ainsi que pour le réemploi d’éléments romains dans le chœur (colonnes et chapiteaux).
On notera aussi la très ancienne Porte des Pénitents datant de l’époque romane (XIIème siècle) située au fond de la nef de l’église près de la Croix de la Mission.
